咳嗽肩膀疼的原因是由于咳嗽引起的剧烈震动，拉扯到肩膀的神经而引起的疼痛。结合自身疼痛的情况，如果比较严重，需要及时到医院做拍片检查，明确病因后，在医生指导下选择合适的药物进行改善，在改善期间也需要多喝一些温开水，并且以清淡的饮食为主，如果症状比较严重，也可以在医生指导下通过口服止咳药物缓解。缓解期间也需要多卧床休息，不要熬夜。