判断卵巢囊肿是良性肿瘤还是恶性肿瘤，主要依据以下几个方面：第一、卵巢囊肿要根据肿物的大小判断，囊性是否伴有出血、坏死，囊内容物是浆液性还是黏液性。一般恶性肿瘤会出现实性肿物，多彩状，伴有出血坏死等。第二、卵巢囊肿需要经过手术切除来进行病理检查，并根据组织细胞结构的特点来诊断，必要时应该结合免疫组织化学染色和基因检测从而进行有针对性的治疗。