亚甲炎大部分病人在1-3个月能够恢复正常。该病的预后良好，有可能自行缓解，但是一些病人在病情缓解后，数月内还可能再次或多次复发，甲状腺局部不适可持续存在几个月。通常在病后数周或数月以后，大多数病人甲状腺功能指标均恢复正常，而滤泡贮碘功能的恢复却很慢。