1、一般实验室检查：发病早期即可检测到蛋白尿，转氨酶升高。血白细胞总数及淋巴细胞减少，中性粒细胞增多，血小板显著减少。
2、抗原检测：酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清中马尔堡病毒的N蛋白抗原（敏感度为40ng/ml），可用于早期诊断。取皮肤组织活检，应用免疫组化法检测马尔堡病毒抗原。
3、血清学检测：应用间接免疫荧光试验（IFA）、ELISA等检测抗马尔堡病毒IgM和IgG抗体。一般IgM抗体在发病后第7天出现，持续2～3月，单份血清IgM抗体阳性即可诊断。检测急性期和恢复期双份血清IgG抗体，滴度增高4倍以上者也可诊断。
4、核酸检测[LD1]：逆转录PCR（reversetranscriptionRT-PCR）和实时逆转录PCR（realtimereversetranscriptionPCR）检测血清中病毒RNA，可用于早期诊断。
5、病毒分离：接种病人的血液、咽分泌物或尿液等于Vero细胞，进行病毒分离和鉴定，阳性者可以诊断。但必须注意，马尔堡病毒分离只能在BSL4级实验室中进行。
本病的诊断依据流行病学史、临床表现和实验室检查。确诊依靠抗原检测、病毒分离和病毒核酸检测等