卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜疾病的一种，现在临床针对此种疾病，多采取根治治疗，即直接手术治疗。根据病患目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。

闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。

巧克力囊肿穿刺术后要暂时注意休息，暂时一两周之内不能同房，另外要用点消炎药，防止感染，尽量不要吃辛辣刺激的食物，其它饮食跟平时正常差不多。卵巢囊肿虽然容易恶变，但只要做到早检查、早发现、早治疗还是可以避免的。

通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。

巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。

巧克力囊肿前期治疗方法有期待治疗，手术治疗，药物治疗和怀孕。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。即采取定期随访，并给予治疗轻微经期腹痛的抗炎镇痛药。如果体积大于3cm的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。

这样的病症如果是通过手术治疗之后，又复发了，应该查找其复发的原因。可以去检查一下体内的激素水平，看看是不是有这类的原因引起的，如果与此有关，就要调理自己的内分泌状态。

巧克力囊肿晚期可以通过中医医治，中医更平和，没有副作用，平时要注意提高生活质量，减少部分的并发症，饮食上要清淡一些，不要吃过于辛辣的食物，平时还要注意休息，保持良好的心态。

巧克力囊肿炎性囊肿的治疗方法，是要看囊肿的大小来决定怎么治疗的。如果是因为巧克力囊肿导致的不孕不育，那么可以手术切除。也可以到促排卵，增加怀孕几率，具体需要看囊肿的大小来综合治疗。

巢是内膜异位症最常见的发病部位，约占盆腔良性肿瘤的1/3.巧囊和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌关系密切，巧囊恶变率约为1％，手术可以除外巧囊恶变。手术能够较为彻底的清除盆腔包块，疼痛缓解率高，术后妊娠率高。