真菌性包皮龟头炎的病因明确，是真菌感染引起的。因此，治疗主要是采取积极抗真菌治疗。抗真菌治疗药物分为外用和内服两种。对于男性患者，可以外用克霉唑乳膏或硝酸咪康唑乳膏进行治疗，清洗患处后涂抹适量，一天2-3次，以抑制局部的真菌繁殖。
另一方面，还需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑或氟康唑等。这些药物属于处方药，必须按照医嘱使用。抗真菌药物的口服治疗需要时间较长，需要结合病史明确治疗疗程。对于反复发作或迁延不愈的真菌感染患者，口服药物治疗可能需要3-6个月。治疗过程中，应禁止性生活，防止感染女性。
如果女性患有真菌性阴道炎，则需要积极抗真菌治疗，防止夫妻之间的交叉性感染。