附睾囊肿是一种男性生殖系统良性病变，只要准确鉴别出它不是一个囊性的单纯的结构，没有实性成分，一般就不会对身体造成生命威胁。
但是，附睾囊肿存在一些不好的影响，包括：较大时可能会影响外生殖器外观或引起不适；在体质差、免疫力低时可能会合并感染；某些情况下囊肿位置不好或较大时可能会引起输精管道梗阻。