附睾炎可能会导致精液质量的下降。附睾是精子成熟的主要场所，附睾炎发作时，尤其在急性期，局部炎性介质的释放会导致精浆活性氧成分的升高，对精子具有明显氧化应激损伤，导致精子畸形率升高、精子活力下降，甚至引起精子碎片化指数升高。
另外，附睾炎症经治疗后，可能会遗留有炎性结节，可能会导致附睾管道堵塞或通而不畅，影响睾丸附睾液的排出，引起精子数量下降。