针对附睾炎感染的治疗，需要抗感染治疗，根据引起附睾炎的常见细菌菌株，可以选择以下几大类抗生素针对性的治疗。例如：头孢类抗生素、青霉素类抗生素、喹诺酮类抗生素等。治疗需要疗程2-3周，一定要足量、足疗程治疗，否则形成慢性附睾炎，迁延不愈。
对于反反复复发作的附睾炎或形成化脓性感染的附睾炎，可能需要手术治疗切开引流或做附睾切除。