附睾炎的最佳治疗方法是使用喹诺酮类抗生素进行治疗，如左氧氟沙星。这类抗生素高效、低毒，在睾丸内分布的血药浓度相对较高，因此一直以来都是附睾炎感染的首选抗生素。此外，也可以参照祖国医学的治疗方法，给予癃清片、复方金钱草等药物进行配合治疗。
对于长期出现的附睾炎，特别是附睾有硬结的患者，也可以考虑让患者去理疗科，采取温热的理疗疗法。