附睾炎会降低精子活动能力，原因在于炎症反应产生的代谢产物会毒害精子，改变精子生存环境，导致精子活动力下降、死精增多、畸形率上升以及数量减少。
附睾炎可堵塞精子行走通道，如由病原体感染引起的附睾炎，会使附睾管腔狭窄或堵塞，导致精子被困于管内死亡，造成少精症或无精症。
附睾炎本身对性功能无直接影响，但长期受刺激的附睾在性高潮时会出现疼痛持续。
附睾炎可导致死精、无精和生育能力下降，传染给配偶引起妇科疾病。