小孩扁桃体摘除的优点在于改善扁桃体肥大所导致的不良后果，缺点在于较小的小孩摘除后可影响其免疫功能。
利处：小孩扁桃体过度肥大会阻碍呼吸，吞咽和发声功能的发挥，易引起张口呼吸和睡眠打鼾等症状，并有诱发急性鼻炎和急性气管炎的危险，也易引起扁桃体复发急性发作给孩子带来更大伤害。若长时间张口呼吸、睡眠打鼾，也极易影响孩子的生长发育。扁桃体过度肥大也会引起某些疾病发病灶，小孩扁桃体切除以后可以有效地改善以上症状。
弊处：扁桃体是免疫器官之一，尤其在小孩中，扁桃体在保护人体方面起着至关重要的作用。若年幼小孩扁桃体切除时可丧失局部免疫反应，可引起免疫功能低下甚至免疫监视障碍。因此，小孩扁桃体切除必须严格把握手术指征及避免术后免疫障碍的出现。