入耳式耳机对于耳朵的危害较大。
入耳式耳机塞入耳中，因其密封性强，使耳道气压升高，易损伤耳内部器官而造成听力损伤和听力下降、及外耳道出现胀痛感，此外，因为入耳式耳机声波的传播范围相对较小且集中，距离鼓膜较近，可刺激鼓膜及听神经，易造成鼓膜、内耳和听力明显损害，宜尽量避开入耳式耳机。
若长时间使用入耳式耳机而声音相对较大，当噪音累积到一定的程度后，就易引起耳鸣、耳痛、头昏、头痛，而当天气太热出汗太多时，长时间戴入耳式耳机会让耳道温度上升，湿润不透气，进而诱发微生物的迅速滋生，易造成外耳炎的发生。
建议使用前定期用酒精为入耳式耳机消毒，用时声不宜过大，对于耳机中的塑料和橡胶之类的材料过敏后立即停用，及时就诊。