鼻腔清洗一般不会有太大的不良反应，在使用不当时，可能会引起某些不适，或者引发或加重中耳炎。
鼻腔清洗是一种治疗鼻炎，鼻窦炎，鼻腔干燥等鼻科疾病的一种方法，可以用生理盐水来清洗鼻腔，去除鼻腔鼻道，甚至是鼻窦内的分泌物、过敏原等，对过敏性鼻炎、鼻窦炎有很好的效果。但在急性鼻窦炎或者是鼻炎发作期，如果鼻腔冲洗的强度太大，就有可能导致鼻咽部分泌物由于压力太大而逆行进入咽鼓管引起中耳的感染，所以在感染期要注意鼻腔清洗的强度和方式。