当扁桃体水肿的症状出现时，通常会考虑与扁桃体炎、扁桃体囊肿等疾病相关。
临床上常根据不同类型选择相应的疗法进行处理。在治疗方面，可采用药物疗法，例如静脉注射抗生素药物如青霉素等，以对抗感染，但在使用前必须进行皮试，以避免过敏反应的发生。
此外，还可以使用复方硼砂溶液、复方氯己定含漱液等液体含漱，以达到杀菌、消炎、缓解局部症状等多种效果；另外，对于急性咽炎也可用庆大霉素片口服或肌注治疗。
对于症状较为严重的患者，扁桃体切除手术是一种可行的治疗方案，包括扁桃体剥离术和扁桃体挤切术等多种手术方法。