肛瘘复发主要和局部伤口愈合不佳或者假性愈合有关，所以肛瘘初次发作时需要尽快进行手术治疗，术后还需要每天对伤口进行消毒换药，如果伤口有假性愈合，那么可能局部有炎性包裹，从而有可能引起后期肛瘘愈合后不定期的炎性发作。其次肛隐窝较深的病人，为了避免肛瘘反复发作，需要通过手术将肛窦打开，避免污染物残留引发感染。