肛周脓肿手术费用主要跟肛周脓肿的严重程度，以及手术所在的医院级别有关系。低位脓肿，在普通的二级医院进行手术治疗，大概费用在5000左右；如果是在三级医院，费用会增加2000元左右。如果是高位肛周脓肿，手术相对比较复杂、创伤大、恢复慢，在二级医院，费用大概在7000左右，而在三级医院费用一般在1万元以上。建议到当地医院进行咨询，同时如果明确诊断为肛周脓肿，建议尽快行手术治疗，以免延误病情。