输尿管结石碎石后疼痛可能是由于碎石过程中对输尿管的损伤以及排石过程中痉挛引起的。输尿管结石碎石后，碎结石可能会卡在输尿管狭窄部位，导致局部炎症和疼痛。此外，排石过程中由于碎石后的结石体积较小，需要经过一定的时间来通过输尿管，这可能会引起一定的疼痛。如果疼痛症状严重或持续时间较长，建议及时就医。