三次胎停的原因，可能是夫妻双方有染色体、基因的异常，或者男方的精子活率比较低、DNA碎片比较高，还有可能是女方有内分泌、免疫的异常，或者是有盆腔子宫发育异常，这些原因都可能引起胚胎停止发育。
如果和同一性伴侣出现三次及以上的胚胎停止发育，则诊断为习惯性流产。对于这样的情况需要密切的做检查，首先需要做夫妻双方的染色体检查，如果发现夫妻均有染色体异常，建议做第三代试管婴儿受孕。第三代试管婴儿可以选择好的胚胎进行植入，这样就可以避免胎儿出现染色体异常。另外，如果有免疫异常，需要用免疫抑制剂来治疗。