子宫内膜异位症部分患者没有临床症状，有临床症状会表现为疼痛、月经异常和不孕症。疼痛是内异症最主要的症状，可能会表现为痛经、慢性盆腔痛、性交痛，严重的会影响生活质量。对于卵巢巧克力囊肿破裂的患者可能会出现急腹痛，约有15%-30%的患者可能会有月经量增多、经期延长以及月经淋漓不尽。子宫内膜异位症患者当中不孕症的比例高达50%以上，是女性不孕的常见原因之一。
还有些特殊部位内异症可能会有其它后果，比如说肠道内异症可能会出现腹痛、腹泻或者便秘，甚至是周期性血便。膀胱内异症可能会出现尿频、尿痛和血尿，内异症侵犯和压迫输尿管时可以出现一侧的腰痛或者血尿。对于巧克力囊肿的患者，有可能会有囊肿恶变的可能，最常见的有卵巢子宫内膜样癌和卵巢透明细胞癌。