自然流产后几天能流干净，需要根据每个患者的具体情况，进行严密观察后才能了解。因为自然流产有一个过程，不同状态、不同流产类型而导致流血的时间有所不同。如果是早期先兆流产，可能流血时间比较短。出现完全流产之后，即在完全排出胚胎后，可能3-5天也就流完。
而如果还残留有胎盘或者胚胎组织，出血就会很多，甚至需要做手术才可以，在手术之后一周左右完全流完，达到胎停育状态，需要用药物或者流产的方式将宫内停育的胚胎组织排到体外。所以，各种不同形式、状态，流完的时间长短也有所不同，需要进行具体分析和估计。