巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，巧克力囊肿就是子宫内膜生长在卵巢上了。治疗子宫内膜异位症的治疗原则就是闭经疗法，所以吃中药不来月经就是对巧克力囊肿的一种治疗，所以是一种正常现象。
异位的子宫内膜侵犯了卵巢的皮质，在其内生长，随着卵巢激素的变化而周期性出血，形成一个或者多个的囊肿，就称为卵巢子宫内膜异位症。因为囊肿中含有柏油样，像巧克力色的液体，所以又称为卵巢巧克力囊肿，常见症状是痛经、慢性盆腔痛、不孕、月经失调等。