子宫内膜异位症病人的主要症状是疼痛，典型症状为继发性痛经进行性加重。疼痛多位于下腹、腰骶及盆腔中部，有时可放射至会阴、肛门及大腿，常于月经来潮时出现，并持续至整个经期。
疼痛严重程度与病灶大小不一定成正比，粘连严重的卵巢异位囊肿患者可能并无疼痛，而盆腔内小的散在病灶却可引起难以忍受的疼痛，少数患者可表现为持续性下腹痛，在经期加剧。