子宫内膜异位症的治疗，根据情况不同有手术治疗和药物治疗两种方法，具体如下：
一、药物治疗：药物治疗是主要的治疗方法，适用于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、有生育要求，以及无卵巢囊肿形成的患者。子宫内膜异位症的药物治疗方法又分为三种，有假孕疗法、假绝经疗法和药物性卵巢切除的疗法，详细如下：
1、假孕疗法：主要是运用高效孕激素，或者长期连续服用避孕药而造成类似妊娠的人工闭经，它主要适用于轻度的内异症患者；
2、假绝经疗法：适用于年龄偏大的，或者是轻度、中度内异症而痛经明显的患者，假绝经疗法常用的药物有孕三烯酮和达那唑；
3、药物性卵巢切除：目前常用的药物有亮丙瑞林和戈舍瑞林，这几种药物治疗的目的，都是要造成月经闭经6-9个月，从而达到使内膜萎缩的目的。
二、手术治疗：对于有较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质未明者，应该采用手术治疗。手术治疗又分为保留生育功能的手术、保留卵巢功能的手术，对于45岁以上的重症患者，也可以采用根治性手术，将子宫双附件以及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除。