卵巢巧克力囊肿破裂的治疗目的是去除病灶，减轻疼痛，促进生育等，主要通过雌激素、孕激素等药物治疗，同时可根据是否有生育意向进行手术治疗改善。
一、药物治疗
1、雌激素：切除子宫及双侧卵巢后，雌激素替代治疗可在手术后开始，或如果有大量内膜异位的组织残留在原位，则激素治疗可延缓4～6个月，在此期间可辅助性抑制疗法。
2、孕激素：连续孕激素疗法，如口服醋酸甲羟孕酮，应与雌激素疗法同时给予，因为如果只用雌激素，则残留的组织可生长、过度增生或发展至恶变。
3、抗感染药物：适用于有盆腔感染的卵巢巧克力囊肿破裂患者，常用药物有头孢哌酮、头孢曲松、甲硝唑、庆大霉素等，可以控制感染。
二、手术治疗
1、保留生育功能手术：切净或破坏所有可见的异位内膜病灶、分离粘连、恢复正常的解剖结构，但保留子宫、一侧或双侧卵巢，至少保留部分卵巢组织。适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者。术后复发率40%，因此术后宜尽早妊娠或使用药物以减少复发。
2、保留卵巢功能手术：保留至少一侧或部分卵巢。适用于Ⅲ、Ⅳ期患者、症状明显且无生育要求的45岁以下患者。术后复发率5%。
3、根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。术后不用雌激素补充治疗者，几乎不复发。