两次胎停育最大的可能性是胚胎染色体异常，两次或两次以上胎停育诊断为复发性流产。复发性流产原因比较复杂，可能为子宫的解剖异常，包括各种子宫先天性畸形，最为常见的是子宫纵隔、子宫颈机能不全、宫腔粘连，以及黏膜下肌瘤、子宫腺肌病等。
遗传因素，包括夫妻染色体的异常，包括染色体的异位、倒位、缺失等，还有最为常见的胚胎染色体异常。血栓前状态比较常见的原因是凝血因子相关基因突变，比如五因子和二因子的基因突变，以及蛋白C和蛋白S的缺乏、抗磷脂综合征、高同型半胱氨酸血症等。内分泌因素比较常见的原因是多囊卵巢综合征，合并胰岛素抵抗，还有没有控制好的糖尿病、甲状腺疾病等。免疫因素主要包括自身免疫性和同种免疫性，比如常见的免疫性疾病，像红斑狼疮、抗磷脂综合征，还有淋巴因子异常所导致的复发性流产。