尿石症的病因是比较复杂的，历史上大量的学者经过观察、分析、试验研究，对这个问题提出了些看法，早在公元前希腊的医生就发现遗传、营养和气候，是形成结石的重要原因。第二次世界大战前后，上下尿路结石的发病率就出现了明显波动，证实食物、营养状况，尤其是高蛋白、高脂肪的摄入，显著的增加了尿石症发病率。
目前大多数专家都认为，尿石症不是单一原因的疾病，而是多种因素促成的。这种常见的因素，包括遗传、饮食、营养习惯、代谢异常、所患的疾病，以及使用的药物，当这些因素综合作用于泌尿系统，而作为个体的患者，其泌尿系统又可能合并有梗阻、感染、异物，及肾脏受损的这些情况。上述的因素综合作用，就导致了尿石症的产生。