胚胎停育的原因有非常多，先要考虑胚胎发育的异常。如果存在胚胎染色体的异常，则有可能胚胎自身就会停止发育，是最常见的造成胚胎停育的原因。
有可能是母体的因素造成的，例如母体存在严重的全身性疾病，例如高血压、糖尿病、心脏病、肝炎、肾病等，也有可能是母体子宫附件等生殖器官的异常，例如存在黏膜下子宫肌瘤、子宫腺肌病、子宫内膜异位症等，还有可能是男性的精子出现问题，也有可能会造成胚胎停育。