子宫内膜异位症的治疗方法包括药物治疗以及手术治疗，药物治疗的目的为抑制卵巢功能，阻止内异症的发展，适用于有慢性盆腔痛、痛经症状明显、有生育要求及无卵巢囊肿形成患者，可选择非甾体类抗炎药、避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂等。
手术治疗的目的为切除病灶，恢复解剖，适用于药物治疗后症状不缓解、局部病变加重，或生育功能未恢复、较大的卵巢内膜异位囊肿患者。腹腔镜手术是首选的手术方法，目前认为腹腔镜确诊，手术加药物为内异症的金标准治疗。