巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，目前尚无一种治疗方法能够治愈子宫内膜异位症，药物和保守性手术均有较高的复发率。内异症被视为一种慢性疾病，需要终身的管理方案，以最大化的利用药物治疗，避免反复手术。内异症治疗的根本目的在于缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛治疗和促进生育、预防和减少复发，可对症治疗，主要为非甾体消炎药、针灸等，能够缓解痛经或腹痛，但无法阻止病变的进展。因此，仅适用于症状轻微病变较轻且无生育要求者。
药物治疗由于妊娠和闭经能够避免经血逆流，导致异位内膜萎缩退化，故采用性激素治疗造成患者较长时间闭经，已成为临床上治疗内膜异位症的常用药物方法，如口服避孕药、亮丙瑞林、醋酸甲羟孕酮、孕三烯酮、米非司酮等。