深部子宫内膜异位症在腹腔镜探查手术中，会发现阴道直肠窝封闭，此时患者的临床症状主要为慢性的盆腔疼痛、深部性交痛，疼痛的程度随着病变的进展而进行性的加重。严重的患者可能会出现腰骶部的酸痛、不适，甚至有部分患者异位内膜浸润到直肠或者泌尿系，引起便血或者尿血的症状。
深部子宫内膜异位症指病灶浸润的深度比较深，医学上将深度大于5mm定为深度浸润型子宫内膜异位症，主要病变常见于子宫的骶韧带，以及子宫直肠窝，妇科检查时三合诊可以触及触痛结节。