1、盆腔检查：青少年女性已婚或有过性生活者可作阴道检查，否认性生活者可行肛腹诊，子宫内膜异位症者常表现为轻度到中度的触痛，一般早期很少触及盆腔内结节或包块，但子宫后位、活动差，宫旁有增厚或包块，伴有触痛也有助于诊断。
2、血清糖类抗原检查：小儿和青少年子宫内膜异位症者血清糖类抗原（CＡ125)也常升高，但无特异性，但因常规检查，CＡ125可作为治疗效果的观察指标之一，也可作为疾病是否复发的指标之一。
3、影像学检查：包括超声、CT和ＭRI，但这些检查均不能够对微小病灶作出诊断。小儿和青少年女性大多可用腹部或肛门B超检查，经阴道B超检查仅适用于有性生活女性。B超对判断有无卵巢子宫内膜异位囊肿有较大帮助，但是对盆腔子宫内膜异位症微小病灶发现较为困难。
4、腹腔镜：与成年妇女子宫内膜异位症一样，小儿和青少年女性子宫内膜异位症诊断的“金标准”是腹腔镜，但腹腔镜检查是有创检查手段，即使是属微创性手段，由于国内传统思想和习俗，未婚妇女及其家长均不易接受，所以常常导致小儿和青少年女性子宫内膜异位症未能及时诊断，也错失早期诊断、治疗的良机。