子宫内膜异位症的治疗方法主要有观察、手术和药物治疗，治疗方式选择也高度个体化。如果是不孕的患者需按照不孕的流程进行不孕的检查和生育力评估，对于复发的子宫内膜异位症、卵巢储备功能低下，或者合并严重男方因素不孕，可以直接考虑试管或宫腹腔镜联合手术。手术后根据术中的表现和患者的情况，如年龄，可以考虑试孕一年、做人工授精或者考虑做试管婴儿。
对于合并卵巢巧克力囊肿的患者，囊肿如果直径在4cm以下，且不能除外生理性囊肿，可以先观察。如果囊肿缩小或者消失，可以先暂时观察，没有变化或长大就建议考虑腹腔镜手术，囊肿在4cm以上或者提示有恶性肿瘤可能性需要及时的手术。对于合并痛经的患者，如果没有盆腔的包块、没有不孕症的病史，可以考虑药物保守治疗。常用药物有非甾体类抗炎药、口服避孕药还有宫腔内放置曼月乐，药物治疗无效的患者也可以考虑做腹腔镜手术。