胎停孕最主要的原因是胚胎染色体异常，大概能占50%左右。染色体异常包括染色体数目异常、结构的异常，此外，母体的疾病也可能会导致胎停育，比如全身性的严重感染、高热合并内外科疾病。女性的内分泌异常，比如黄体功能不全、甲状腺功能低下、糖尿病血糖没有控制好，也会引起胎停育。母亲的免疫功能异常，自身免疫性疾病，比如红斑狼疮、抗磷脂综合征，也是胎停育的常见原因。女性的子宫畸形，比如纵隔子宫、宫腔粘连、黏膜下的肌瘤或者肌壁间肌瘤会影响胚胎着床，导致胎停育。过度的紧张、焦虑等精神因素也有造成流产的报道，抽烟、酗酒、咖啡也可能是导致胎停的原因。还有环境、毒素，比如重金属、化学物质的接触也可能会导致胎停育。