造成胎停育最主要的原因是胚胎染色体的异常，大概能占50%-60%的可能性，包括染色体的结构异常和数目异常。母体的因素也可能会导致胎停育，比如母亲的全身性疾病、严重的全身性感染、高热、严重的内外科合并症，还有母亲的内分泌异常，比如黄体功能不全、甲减、严重的糖尿病。母亲的免疫功能异常，比如自身免疫性疾病、红斑狼疮、抗凝脂综合征，都是导致胎停育的重要原因。子宫的畸形，如子宫纵隔、宫腔粘连、黏膜下肌瘤，也可能会导致胎停育。此外，紧张、焦虑、抑郁等情绪的影响也有导致流产的报告，抽烟、酗酒、过度摄取咖啡因也可能会导致流产，还有环境因素，比如重金属的接触，化学物质的接触也是导致流产的原因。