外用的抗真菌药，由于吸收量极少，基本不会引起系统性的副作用。外用后有可能出现局部的皮肤反应，如轻微的发红、烧灼感或鳞屑，有些人可以出现严重的过敏反应。对于口服或者静脉应用的抗真菌药物，可以出现系统性的副反应，胃肠道的反应最为多见，例如恶心、腹泻、腹痛、消化不良、腹胀，有些人可以出现肝功能的异常和皮肤的过敏反应。