椎间盘微创手术的缺点是对病变间盘组织处理有限、部分手术时间长、术后可能会复发等。
1.对病变间盘组织处理有限：目前大多采用腔镜技术，如椎间孔镜、单边双路内窥镜等，但因腔镜设备的缺陷，局部病灶的病灶难以被完全清除。
2.部分手术时间长：对于多节段的腰椎间盘突出和椎管狭窄症，经椎间孔径进路的腰椎间融合所需的时机较短；此外，经皮椎弓根针内固定治疗单节段脊柱骨折所需的时间要比传统的开腹方式更短，但也有可能比传统的开腹方式更长。
3.术后可能会复发：对单纯的髓核摘除和椎间盘切除来说，椎间盘微创手术后的复发率很大程度上是因为对病变组织的处理不够充分，并且没有必要对椎体进行更深层次的处理，比如骨赘等。这样，病人在短期内可以得到很好的缓解，但是在较长时间的随访中，仍有一些病人有复发的可能。