近亲结婚所生之子女易患某些遗传方面之病，其中许多遗传性之病，由于近亲间带有许多同一隐性遗传病之基因，所以医学上并无治，通常肉眼看不见，但婚后所生孩子可遗传某些有害基因，使孩子并发某些遗传病如白化病和血友病等、红绿色盲之类，孕期也会增加胎儿畸形危险，因此应注意尽量避免近亲结婚。
近亲婚姻不仅增加了隐性遗传疾病的发病率，还增加了多基因遗传疾病的发病率，如孩子精神分裂症、家族性智力低下、脊柱裂、无脑儿。