肝管中有结石又称为原发性肝内胆管结石。原发性肝内胆管结石其发病原因通常是因为细菌感染，好发部位主要位于肝左外叶和右后叶。因为肝左外叶和右后叶胆管成锐角，容易造成胆汁引流不畅，一旦感染后容易形成结石。肝内胆管结石一旦发生容易引起胆管堵塞，从而出现胆管炎症状，表现为腹痛、畏寒、发热，严重时甚至出现肝脓肿，长期胆管结石刺激甚至会诱发胆管癌变。