子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿需要根据囊肿大小、是否有痛经、不孕等症状来决定治疗方案。如果囊肿小于4cm，没有痛经，囊肿也不影响生育，可以暂时观察，不用特殊治疗，但需每3-6个月复查超声和血清CA125水平。如果出现囊肿时伴有痛经，需要口服止痛药或短效避孕药或高效孕激素治疗；如果使用治疗痛经的药物治疗无效，需进行手术治疗。如果囊肿大于4cm或伴有不孕，或短期内增长较快，也需要进行手术治疗。
手术治疗包括囊肿切除术和卵巢巧克力囊肿剔除术等。对于未婚的年轻患者，可以选择囊肿切除术，对于已婚或有生育要求的患者，可以选择卵巢巧克力囊肿剔除术。手术后需要适当休息，避免剧烈活动和重物重物，同时遵医嘱进行药物治疗和定期复查。
预防囊肿的发生需要注意饮食、生活方式和个人卫生等方面。同时，定期进行妇科检查也是预防和早期发现囊肿的重要方法。