一般如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤的话，多为功能性囊肿，可以服用药物治疗，密切随访，即2－3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间；若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗；如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位囊肿。可依照当时的情况，采取不同的治疗。