肝功能损伤的轻重与乙肝大三阳有无明显的关系。肝脏功能正常，则没有其他的不良反应。
肝脏功能正常时会出现纳差、疲倦、腹胀、厌油、反胃、肝部不适等症状。目前，肝功能不正常的大三阳患者，可以通过药物进行抗菌、保肝、降酶等药物的治疗。这种情况下，一般是要用很长时间的药物，有些人可能会终生服用，只要肝脏功能恢复，就可以停止服用。