多数肠结核病人有结核中毒症状；而克罗恩病病人多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。