心脏手术因多需体外循环支持，手术中需要心脏停跳等使其成为外科手术中难度较大的手术。因此，手术风险也较其它专业的手术风险要大。先心病的手术治疗仍会存在麻醉意外、体外循环意外（包括气栓、血栓、心跳骤停等）、药物过敏、凝血机制障碍、心包填塞、难以纠正的水、电解质及代谢等内环境紊乱、声嘶、呛咳、乳糜胸、残留分流、各瓣膜返流、各种严重心律失常、房室传导阻滞等并发症。