巴雷特食管临床症状较轻者不需要治疗，但临床症状明显需要治疗，治疗方法有药物和内镜治疗。西药治疗包括奥美拉唑等，是治疗巴雷特食管首选药物，病情控制后慢慢减量，整个疗程一般半年以上。促胃肠动力药物如吗丁啉减少胃食管返流，效果没有奥美拉唑好，用药后症状会减轻。内镜治疗如内镜下消融术等如激光、氬光凝固等。