细菌性急性肠胃炎表明肠道存在感染，必须要加用抗生素来抗感染治疗。常选用的抗生素主要是喹诺酮类的药物或者三代头孢类药物，喹诺酮类的药物可以选择诺氟沙星、左氧氟沙星，三代头孢多选择的是头孢米诺、头孢他啶等。其他的根据急性胃肠炎的症状来对症治疗，如果伴有腹痛、恶心、呕吐，可以选择抑酸、护黏膜的药物来对症治疗。