1、小肠组织病理检查：热带口炎性腹泻的典型病理表现为绒毛结构改变，绒毛变宽缩短，隐窝拉长，并伴有表面上皮细胞改变，以及炎性细胞浸润。
2、葡萄糖耐量试验：50%的病人有葡萄糖耐量试验异常，提示患者小肠吸收不良。
3、维生素吸收试验：维生素吸收试验提示维生素A及维生素B12吸收不良，容易造成巨幼细胞性贫血。
4、粪便检查：可以判断粪便中脂肪球、氮含量、纤维和糜蛋白酶的含量是否正常，从而判断是否有小肠吸收不良的现象。
5、D-木糖试验：该试验可以了解小肠吸收营养成分的功能是否正常，木糖吸收减少代表肠黏膜吸收能力减弱，可以协助诊断。