致肠细胞病变人孤儿病毒感染目前尚无特效的治疗措施，以抗病毒和对症支持治疗为主。致肠细胞病变人孤儿病毒感染通过短期的抗病毒治疗和对症支持治疗症状即可缓解。
一、药物治疗
1、抗病毒药物：目前并没有针对性的抗病毒药物，可选用广泛的抗病毒药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦等。能够抑制病毒的复制，减少病毒的繁殖和传播。
2、清热解毒药物：常用的药物有双黄连口服液、银黄口服液、板蓝根颗粒等，可以用来治疗上呼吸道感染症状如流鼻涕、咽喉疼痛、咳嗽等。
3、抗生素治疗：如果合并细菌感染，可以运用抗生素治疗。常见的药物有头孢他啶、头孢呋辛等。
4、糖皮质激素：如果机体出现持续高热，应用普通降温药无效，可以应用糖皮质激素。糖皮质激素能够抑制机体炎症反应、抑制炎症细胞的聚集和炎症介质的释放等。常用的糖皮质激素有泼尼松、地塞米松等。注射丙种球蛋白也可以控制机体炎症反应。
5、甘露醇：存在颅内高压的患者，可用甘露醇降低颅内高压。
6、腺苷三磷酸、辅酶A、环腺苷酸：如果病人出现心肌炎，可以用促进心肌代谢的药物如腺苷三磷酸、辅酶A、环腺苷酸等。
二、手术治疗
致肠细胞病变人孤儿病毒感染一般不需手术治疗。
三、其他治疗
补液治疗，如果机体出现脱水的症状，应该及时补充有效循环血容量，避免引起微循环衰竭。