小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎一般治疗周期为一年，药物治疗主要为甲状腺激素替代治疗，有手术适应症患儿需要行甲状腺切除术。
一、药物治疗
1、左旋甲状腺素钠片：甲状腺功能低下患儿应予以左旋甲状腺素钠片替代治疗，起始剂量应根据患儿年龄及体质量估算。左旋甲状腺素钠片治疗几乎没有不良反应，学龄儿童假性脑瘤可能与左旋甲状腺素治疗相关。已知影响左旋甲状腺素钠片吸收的药物有钙剂、铁剂、硫酸铝、含钾树脂、含铝的抗酸剂以及含胆汁酸的树脂等。应用其他药物也应注意药物的交互作用，尤其是抗抑郁药物及抗惊厥药物。
2、糖皮质激素：主要作用是快速抑制炎症反应，而且局部应用糖皮质激素，比全身应用治疗，治疗效果更好，患者接受程度更高，代表药物为泼尼松。
二、手术治疗
甲状腺切除术：1、手术方法：甲状腺叶切除术、甲状腺次全切除术及甲状腺全切除术。
2、手术指征：在小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎基础上并发甲状腺结节的患儿要定期追踪甲状腺结节的形态变化，凡伴有明显压迫症状局部疼痛显著结节呈进行性增大或怀疑存在恶性病变者应手术治疗。
3、注意事项：手术后应常规外源性补充甲状腺激素。