小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎病因主要与遗传因素、免疫异常和环境因素有关。其中环境因素中碘摄入量是影响本病发生发展的重要环境因素，随碘摄入量增加。本病的发病率显著增加，可以促进隐性病人发展为临床甲减。本病好发人群为慢性淋巴细胞性甲状腺炎家族史者、6岁以上女孩，药物、放射性物质可诱发。
一、主要病因
1、遗传因素：慢性淋巴细胞性甲状腺炎是一种多基因遗传疾病，主要组织相容性复合物是最早被确认为慢性淋巴细胞性甲状腺炎的易感基因，也是对慢性淋巴细胞性甲状腺炎发生风险影响最强的一个基因。
2、免疫机制：甲状腺内大量淋巴细胞浸润，并产生各种抗甲状腺自身抗体，包括抗甲状腺球蛋白抗体，抗甲状腺过氧化物酶抗体，以及抗促甲状腺激素受体抗体等。其中抗促甲状腺受体刺激阻断抗体可以阻断促甲状腺激素与其受体结合，引起甲状腺功能低下。
3、环境因素：压力过大、环境污染、感染、硒缺乏以及长时间的摄入高碘等原因均有可能诱发该病发病。
二、诱发因素
1、药物：用于某些疾病治疗的干扰素可诱发慢性淋巴细胞性甲状腺炎，因药物破坏甲状腺腺泡，常突然出现甲亢，有的患者可转变为持续性Graves病。
2、放射性物质：低剂量的放射性碘或其他放射性物质可诱发AIT或慢性淋巴细胞性甲状腺炎。